Die AfD könnte in ostdeutschen Bundesländern Regierungsverantwortung übernehmen und damit auch Einfluss auf die Hochschulpolitik gewinnen. Vor diesem Hintergrund prüfen Hochschulen rechtliche Schutzmechanismen und institutionelle Vorkehrungen. Laut Jan-Martin Wiarda besteht die größte Gefahr jedoch nicht in direkten Eingriffen, sondern in der politischen Einflussnahme, die über Haushalte und Strukturen läuft.
Die eine Möglichkeit ist, sich juristisch vorzubereiten: "Man prüft Hochschulgesetze, Grundordnungen, Berufungsverfahren, Gremienrechte, Hochschulräte, Zielvereinbarungen. Man schaut, wer wann zustimmen muss, welche Eingriffe des Ministeriums möglich sind und wo die Wissenschaftsfreiheit Grenzen setzt."
Das wird aber nicht genügen. Da Hochschulen stark von Landesmitteln abhängig sind, könnten Programme und Fachbereiche unter Druck gesetzt werden, ohne die Wissenschaftsfreiheit formell anzutasten. Entscheidend ist laut Wiarda deshalb die Haltung der Hochschulen. Vor allem ProfessorInnen trügen aufgrund ihrer Unabhängigkeit besondere Verantwortung: "Das Beamtentum ermöglicht Professorinnen und Professoren nicht nur Kritik und Widerstand gegenüber Anordnungen von Landesregierungen, die grundgesetzlich garantierte Freiheiten einschränken wollen (...). Es verpflichtet sie dazu."