Die Führungsrolle, die die Helmholtz- Gemeinschaft in ihrem Papier für bestimmte Forschungsfelder reklamiert, ist bei den Universitäten auf zum Teil heftige Kritik gestoßen. Von einer „Helmholtzifizierung
des deutschen Wissenschaftssystems“ ist die Rede. Der Präsident der Helmholtz-Gemeinschaft spricht indes von einer notwendigen „offenen Debatte ohne Tabus“, von Missverständnissen – und rät von einem „Weiter so“ bestehender Strukturen ab.